Områder udpeget efter EU´s naturbeskyttelsesdirektiver (fuglebeskyttelsesdirektivet og habitatdirektivet) kaldes tilsammen for Natura 2000 områder. Direktiverne for de beskyttede områder omfatter regler for beskyttelse, genopretning og overvågning.

I Furesø Kommune findes to Natura 2000 områder:

 

EU-Fuglebeskyttelsesområde: Et sammenhængende område bestående af Furesø, Fiskebæk, Farum Sø, Sækken ved Ryget Skov og Sortemosen. Foruden de store søer er nogle 0-50 m smalle striber land rundt om søerne med i det beskyttede område. Den præcise lokalisering kan ses på Miljøportalens arealinfo http://www.miljoeportal.dk

EU-Habitatområde: Et område i kommunen. Det omfatter de ovennævnte områder plus et område ved Mølleåen og en større del af Nørreskoven ud mod Furesøen

For de enkelte områder er der udarbejdet en Natura 2000-plan, der indeholder en beskrivelse af  områdets aktuelle naturtilstand, trusler mod naturen, mål for naturtilstanden og et indsatsprogram.

 

Natura 2000-planernes formål er at beskrive, hvordan man skal behandle områderne, så man stopper tilbagegangen for naturtyper og arter i de enkelte områder.

I december 2013 udkom "Miljøministeriet gør status over vigtig natur". Heri gøres status for Natura 2000 områderne og der fremlægges planer helt frem til 2021. Se en beskrivelse at området  139 Øvre Mølleådal, Furesø og Frederiksdal Shov her

I oktober 2016 kom Forslag til Nature 2000 handleplan 2016-2021 for Øvre Mølleå, Furesø og Frederiksdal Skov

Dele af Nørreskoven og dele af Furesøen er Natura 2000 område.

Landskabet langs Mølleåen er Natura 2000 område.